Après des études de flûte traversière, Isabelle Sainte-Marie se tourne vers l'étude de la littérature et de l'histoire de l'art. Plongée presque par hasard dans l'enseignement musical, elle se passionne alors pour la pédagogie et l'éveil à la sensibilité au travers de la musique.
La rencontre de la musique ancienne lui permet de découvrir les timbres doux et chauds des flûtes à bec et de la flûte traversière baroque.
Après quelques années d'enseignement, elle prend la direction d'une école de musique, ce qui lui offre la possibilité d'élaborer et de mettre en oeuvre un projet pédagogique cohérent avec une équipe d'enseignants ouverts et enthousiastes.
Parallèlement, elle obtient le Diplôme d'Etudes Musicales en traverso baroque au Conservatoire National de Région de Strasbourg dans les classes de Jean- François Alizon, Martin Gester et Patrick Blanc et se perfectionne auprès des maîtres actuels de la flûte baroque Marc Hantaï et Barthold Kuijken. Elle se produit régulièrement en concert avec la violoncelliste Lisa Erbès, la flûtiste Christine Sergi-Meyer et le guitariste Jean-Marie Angster (Jeudi, ça va et Deux Vents pour Six Cordes)
C'est au cours des Journées de la Flûte Renaissance de la Musikhochschule de Stuttgart d'octobre 2005, que germe l'idée de créer un consort de flûtes. La rencontre avec Nancy Hadden lui offre l'opportunité d'approfondir et d'enrichir l'interprétation des répertoires anciens, notamment au travers des liens entre musique et littérature. Elle est également membre du Renaissanceflötenconsort de Stuttgart.